Датой основания музея считается 24 февраля 1905 г., когда он был учрежден губернским статистическим комитетом как музей Северного Кавказа краеведческого профиля. Региональный статус определялся исторической ролью губернии на Юге России, — долгое время Ставропопоказатьлье было центром Северного Кавказа.
Инициатором создания музея выступал присяжный поверенный, известный общественный деятель, ревнитель старины Григорий Николаевич Прозрителев (1849-1933). Являясь структурным подразделением Ставропольского губернского статистического комитета, музей функционировал в тесной связи со Ставропольской ученой архивной комиссией.
Он располагался в здании губернского правления и имел следующую структуру.
Естественно-исторический отдел с подотделами геологии, минералогии, палеонтологии, зоологии и ботаники.
Этнографический отдел с подотделами антропологии и этнографии.
Исторический отдел с подотделами археологии и нумизматики.
Сельскохозяйственный отдел с подотделами земледелия, полеводства, животноводства, лесоводства и лесоразведения, садоводства, огородничества, виноградарства и виноделия, пчеловодства, шелководства.
